牡丹の根は中央に一本芯が通っており，この芯を抜き取って乾燥したものが生薬となります。生薬名は牡丹皮（ボタンピ）です。
牡丹皮には血行改善の作用や，炎症やのぼせの熱を冷ます働きがあります。血行改善の目的で使用する時には桃の種やベニバナなどと一緒に用いられます。代表的な処方には桂枝茯苓丸（けいしぶくりょうがん），温経湯（うんけいとう）などがあります。のぼせの熱を冷ます時にはクチナシの実と併用することが多く，代表的な処方には加味逍遙散（かみしょうようさん）などがあります。
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